发文单位：国家税务总局 文件号：国税发[2006]99号 发文日期：2006-07-10
各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局：
自2003年10月总局下发《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》(国税发〔2003〕121号)以来，各地税务机关在加强货物运输业税收征收管理方面取得了一定成绩。但从近期总局调查了解的情况看，部分基层征收机关在受理货物运输企业申报纳税时，一定程度上存在对申报数据审核不严和发票信息采集质量不高等问题。为进一步提高对货物运输企业的纳税申报和税款征收工作的管理水平，现将有关问题通知如下：
一、关于填写和报送货物运输业发票清单
开票单位必须按照国税发〔2003〕121号文件的有关规定，填写和报送货物运输业发票清单。
（一）地方税务局代开货物运输业发票时，要按规定先征收税款后再开具货物运输业发票，并将代开的货物运输业发票填写《地税局代开货物运输业发票清单》。
（二）自开票纳税人在申报缴纳营业税时，除报送营业税申报表外，必须向主管地方税务局报送《自开票纳税人货物运输业发票清单》的纸制文件和电子信息。
（三）代开票中介机构代开货物运输业发票时要先代征税款后再开具货物运输业发票。代开票中介机构在解缴代征税款后，必须按主管地方税务局规定的申报期限报送《中介机构代开货物运输业发票清单》的纸制文件和电子信息。
二、关于货物运输业发票清单审核
地方税务局征收机关在受理自开票纳税人纳税申报和中介机构代开票清单及代征税款时，要对其申报的纸质清单汇总数与电子信息汇总数以及缴纳税款数进行认真核对，确保每月纳税人申报缴纳营业税的计税营业额，不小于其每月发票开具金额，确保上传的清单是征税以后的货物运输业发票存根联数据形成的清单。
国家税务局在受理增值税一般纳税人货物运输业发票申报抵扣时，要严格核对其申报的纸质清单汇总数与电子信息汇总数是否一致，录入的清单信息是否准确、规范，不断提高货物运输业发票抵扣联信息采集的质量。
三、各地地税征收机关、国税征收机关必须按照规定期限，完整地采集、传递货物运输业发票清单。省级地方税务局、国家税务局应按期将汇总的货物运输业发票清单上传总局，以确保总局按时进行稽核比对。
四、地方税务局对货物运输业自开票纳税人转为非正常户的，要立即停止向其发售货物运输业发票，追缴已售发票和欠缴税款，防止非法领用货物运输业发票而不申报纳税现象的发生。
五、要积极运用信息化手段，定期对纳税人申报的营业税营业额和企业所得税营业收入进行比对，防止纳税人不如实申报收入、逃避纳税义务等情况的发生。
六、加强对自开票纳税人的企业所得税征收管理。主管税务机关在受理自开票纳税人申报缴纳企业所得税时，要对其对外开具的货物运输业发票金额和申报缴纳企业所得税的收入额进行比对，对申报缴纳企业所得税的收入额低于对外开具货物运输业发票总额的，主管税务机关要予以查实，并作相应纳税调整。
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