存货的非正常损耗主要有两种原因：（一）自然灾害损失；（二）因管理不善造成货物被盗窃、发生霉烂变质等损失。前者在扣除保险公司等赔偿后计入“营业外支出”，后者在扣除有关责任人员赔偿后计入“管理费用”。但是“自然灾害损失”，必须是“事前不可知、事中不可控、事后有证据”的损失。对于原因不明的损失，只能归于“管理不善”，计入“营业外支出”。

有关税收事项：

1、增值税：根据增值税条例，非正常损耗，不论是什么原因，对应转出相应的进项税额；

对于毁损的存货是否要转出进项税额？对于毁损的存货是否要转出进项税额？有不同的观点：（1）、认为可不转出，因为存货毁损，与管理不善而造成的“被盗、霉烂变质”不同，税法也没有对这方面要转出进项税的规定，对此项存货损失，所以可以不作转出进项税的处理；（2）、应转出。虽然没有明确的法规要求这种情况进项税要转出，但从增值税计税原理来讲，企业为生产或流通购进货物所负担的进项税额可从当期销项税中抵扣，但这种抵扣是有条件的，即准予抵扣的进项税额必须是用于应税生产或流通的购进货物所负担的进项税额。既然存货已毁损而不能用于生产应税货物或进入流通，当然也就不能抵扣。两种说法都有道理，你是倾向于后者，还是更欣赏前者？

2、所得税处理 对于计入“管理费用”的因“管理不善”造成的损失，因为属于责任单位管理上的原因，国家不可能因此而受税款的损失，因此这部分损失不能在税前扣除；而对于自然灾害造成的损失，不是企业主观原因造成的，根据国税发[1997]190号文件规定，纳税人在一个纳税年度内生产经营过程中发生的固定资产、流动资产的盘亏、毁损、报废净损失、坏账损失，以及遭受自然灾害等人类无法抗拒因素造成的非常损失，经税务机关审查批准后，准予在缴纳企业所得税前扣除。应该可以在税前扣除。也就是说，“管理费用”中存货的非正常损失，不能在税前扣除，须作纳税调增，而“营业外支出”中的损失，可在税前扣除，不用作纳税调整。

那么该如何理解国税发[2003]45号文这段话：当存货发生以下一项或若干情况时，应当视为永久或实质性损害：

1、已霉烂变质的存货；

2、已过期且无转让价值的存货；

3、经营中已不再需要，并且已无使用价值和转让价值的存货；

4、其他足以证明已无使用价值和转让价值的存货。

我认为应该是客观原因造成上述情况的才能扣除。不过事实上税务也不可能那么认真的，不管什么原因，只要报恐怕一般都会批的。