按我国现行增值税的减免规定，减免增值税分为先征后返、即征即退、直接减免三种形式。因此，其会计处理方法也有所不同：

 (1)先征收后返回增值税的会计处理：

 ①按指定用途返回的会计处理：

用于新建项目的，实际收到返回的增值税税款时，直接转作国家资本金，作会计分录如下：

借：银行存款

贷：实收资本—国家投入资本

用于改建扩建、技术改造项目的，收到返回的增值税税款时，视同国家专项拨款，作会计分录如下：

借：银行存款

贷：专项应付款—x x专项拨款

实际用于工程支出时，作会计分录如下：

借：在建工程—x x工程

贷：银行存款

工程完工，报经主管财政机关批准，对按规定予以核销的部分（不构成固定资产价值），作会计分录如下：

借：专项应付款—x x专项拨款

贷：在建工程

对构成固定价值的部分，作会计分录如下：

借：固定资产

贷：在建工程

借：专项应付款

贷：资本公积

用于归还长期借款的，经批准归还长期借款，即“贷改投”时，可转为国家资本金，作会计分录如下：

借：银行存款

贷：实收资本—国家投入资本

借：长期借款

贷：银行存款

②用于弥补企业亏损和未指定专门用途的会计处理：

当纳税人实际收到的返回的增值税时，作会计分录如下：

借：银行存款

贷：补贴收入

也可以通过“应收补贴款”反映应收和实收过程。反映应收退税款时，作会计分录如下：

借：应收补贴款—增值税款

贷：补贴收入

实际收到退税款时，作会计分录如下：

借：银行存款

贷：应收补贴款—增值税款

(2)即征即退的会计处理

国家根据需要，可以规定对进口的某些商品应计征的增值税采取即征即退的办法，退税额冲减采购成本，退税的直接受益者必须是以购进商品从事再加工的生产企业。

(3)直接减免增值税的会计处理

①小规模纳税人直接减免增值税的会计处理。

月份终了时，将应免税的销售收入折算为不含税销售额，按6%或4％的征收率计算免征增值税税额，作会计分录如下：

借：主营业务收入

贷：应交税金—应交增值税

借：应交税金—应交增值税

贷：补贴收入

②一般纳税人直接减免增值税的会计处理。

企业部分产品（商品）免税。月份终了，按免税主营业务收入和适用税率计算出销项税额，然后减去按税法规定方法计算的应分摊的进项税额，其差额即为当月销售免税货物应免征的税额。

结转免税产品（商品）应分摊的进项税额，作会计分录如下：

借：主营业务成本（应分摊的进项税额）

贷：应交税金—应交增值税（进项税额转出）

结转免税产品（商品）销项税额时，作会计分录如下：

借：主营业务收入

贷：应交税金—应交增值税（销项税额）

结转免缴增值税税额时，作会计分录如下：

借：应交税金—应交增值税（减免税款）

贷：补贴收入

企业全部产品（商品）免税。如果按税法的规定，企业的全部产品（商品）都免税，工业企业应在月终将免税主营业务收入参照上年度实现的增值率计算出增值额（产销较均衡的企业也可以按月用“购进扣税法”计算），并将其折算为不含税增值额，然后依适用税率，计算应免缴增值税税额；零售商业企业（批发企业可比照工业企业）应在月终将销售直接免税商品已实现的进销差价折算为不含税增值额，然后按适用税率计算应免缴增值税税额。根据上述计算结果，作会计分录如下：

计算免缴税额时：

借：主营业务收入

贷：应交税金—应交增值税（销项税额）

结转免缴税额时：

借：应交税金—应交增值税（减免税款）

贷：补贴收入

对生产经营粮油、饲料、氮肥等免税产品的企业，虽然其主产品免税，但也可能发生增值税应税行为，如粮食企业，按国家规定价格销售免税粮食时，可免交增值税；但若加价销售，就不能免税。饲料企业，如果将购入的原粮又卖出或在生产饲料的同时还生产供居民食用的制品，则要缴纳增值税，会计上应分别设账和分别核算。