一、出口“免、抵、退”税企业专项检查
①生产企业是否按规定申报办理出口货物“免、抵、退”税，申报的单证是否齐全。
②出口的非自产货物是否办理了退（免）税（特殊规定的除外）。重点检查出口及退税异常增长、视同自产产品比重较大、纳税长期零申报或负申报、“存货”在某一时期奇高、销售规模与生产能力不相符的企业。
③企业是否存在 “借权、挂靠”和从事“四自三不见”等违规方式申报退税的情况。
④是否严格按照规定的退税率申报办理退税，有无错用退税率的问题。
⑤是否存在已出口但不申报“免、抵、退”税的情况。对超过“免、抵、退”税申报期限的，是否按规定征税。
⑥从事“进料加工贸易”的生产企业在申报办理“免、抵、退”税时，是否按规定对“进口料件”进行了处理。是否正确计算“进口料件”中的“免抵退税额抵减额”。
⑦对出口货物异常增长、委托加工货物出口所占比重较大、以及原材料进项发票主要是“四小票”的生产企业，应进一步延伸检查其原材料来源的真实性。
⑨有无将不予退税出口货物的进项发票在内销中抵扣；出口退税率调低货物的“免抵退税不得免征和抵扣税额”是否及时从增值税进项税金中转入成本；生产企业应退税款有无按规定从留抵税款中转出。
⑩关于外商投资企业采购国产设备退税问题。重点检查：外商投资企业是否真实，是否符合国家规定的准予退税企业范围；申请退税设备是否符合规定、申请退税额是否超核定退税投资总额；企业是否存在监管期内转让、赠送等设备所有权的转移行为，或者发生出租、再投资行为，如有发生该类行为的，税务机关是否已补征其退税款。
对上述检查内容所涉及的出口合同、资金往来账册等必须严查。
二、外资企业税收专项检查。
1.增值税
①销项税额检查。检查企业有无隐瞒销售收入；价外收费隐瞒申报纳税；混合销售行为是否按规定纳税；未分别核算的兼营非应税劳务是否按规定纳税；以物易物、以旧换新方式隐瞒销售额；委托代销或受托代销货物瞒报销项税；用于非应税项目、集体福利、个人消费的自产或委托加工货物瞒报销项税；用于投资、分配或无偿赠送他人的货物瞒报销项税；故意降低高税率货物销售额或多申报免税货物销售额；销货退回或折让多冲抵销项税；销售废品、次品、废料等瞒报销项税；逾期包装物押金未提销项税；销售价格明显偏低；适用税率是否一致；账证表是否一致、票货款是否一致、存货帐面数和仓库实存数是否相符等。
②进项税额检查。检查企业进项凭证是否规范；进项税额是否提前申报抵扣；留抵税额计算是否正确；购进固定资产、用于非应税项目、用于集体福利或个人消费、非正常损失的进项税额是否已抵扣；返利是否作进项税额转出等。
2.外商投资企业所得税
①检查各项应税收入（收益）的真实性、完整性。
一是生产经营收入部分，是否有应计未计产品销售（经营）收入、视同销售是否计入收入。二是财产转让收入、租赁收入、利息收入、特许权使用费、股息收入等是否存在少计收入的情况；国库券利息收入是否多计收入。三是其他收入（包括固定资产盘盈收入、罚款收入、因债权人缘故确实无法支付且两年以上的应付款项、物资／现金的溢余收入、应税的补贴收入、逾期包装物押金、保险无赔款优待、手续费收入等）是否存在少计收入的情况。四是接受捐赠收入是否计入当年应税所得额。五是非货币资产投资收益、对外投资的股权收益及其成本费用的核算是否属实。
②检查税前扣除项目的真实性、合法性、合理性。
第一、是否多列支制造费用、生产成本、产品销售成本，有无多计其他业务成本。
第二、核实下列各项费用的列支是否超过法定比例或标准；跨行业经营的，是否按适用比例分别计算列支限额：交际应酬费、工资福利费、工会经费、职工教育经费、借款利息费用等。
第三、核实须经税务机关审批后列支的项目（如财产损失、坏帐准备金及其它减值准备）：一是有无未经税务机关批准而擅自列支的问题。二是计提金额是否超过规定的列支比例。三是有无应在免税期或减半期列支的损失而在减半期或全额征税期列支从而人为调节应纳所得税额的问题。四是实际发生坏帐损失时是否冲减坏帐准备；对于超过上一年度计提的坏帐准备部分，是否作为当期损失列支；少于上一年度计提的坏帐准备部分，是否计入本年度应纳税所得额；已经作为坏帐损失在所得税税前扣除的应收账款，在以后年度收回时是否计入当期应纳税所得额。五是存货跌价减值准备、短期投资跌价减值准备、长期投资减值准备、固定资产减值准备、无形资产减值准备、在建工程减值准备、委托贷款减值准备等七项预提准备金是否已经进行纳税调整。
第四、重点检查项目。一是销售提成，有无重复列支供销人员的工资、奖金、差旅费和交际应酬费问题；是否冲减销售收入；是否以“白条”列支。二是技术开发费，是否有技术开发计划和费用预算方案，是否提供政策资料；当年发生的技术开发费是否超过上年实际发生额的10％；有无超范围归集技术开发费套取加成扣除的情况；有无把以前年度未扣除完或不允许扣除的开发费在本年度扣除。三是用于中国境内的对外捐赠，是否属于公益救济性捐赠；是否直接支付给受赠人；有无将摊派支出、赞助支出等作为对外捐赠列支的问题。四是预提费用，是否按照权责发生制提取和列支；除水电费等允许预提的项目外，是否还预提其它费用并税前列支。五是支付给有关部门的管理费，企业支付管理费的主管部门是否为其提供了相关服务；企业支付给主管部门的管理费，是否有规定的收费标准，或者是否符合市场同类服务的收费标准；支付给关联企业的管理费不得列支。六是职工培训费，企业开业前发生的职工培训费，是否未计入企业的开办费；企业为培训职工而购建的固定资产、无形资产等支出，是否直接作为职工培训费进行列支。七是其他项目，如土地（场地）使用费、租金支出、董事会或董事费等。
第五、税前不予列支项目的审核重点。一是资本性支出；二是无形资产受让、开发支出；三是违法经营的罚款和被没收财物的损失、各项税收的罚款、滞纳金；四是自然灾害或意外事故损失有赔偿的部分；五是非公益救济性捐赠；六是各种赞助支出；七是与生产经营无关的支出，如无关担保支出、摊派支出等；八是回扣支出；九是支付给总机构的特许权使用费。
③资产处理。
第一、固定资产折旧、改良。一是确认折旧政策和方法是否与税法规定一致。二是折旧年限是否准确；采用加速折旧法的，是否经过有权税务机关批准；取得已经使用过的固定资产，其尚可使用年限比税法规定短的，如按尚可使用年限计提折旧，是否经过有权税务机关批准。三是计提的起止时间是否正确，有无已经提足折旧继续使用的固定资产仍然提取折旧；新增固定资产计提折旧起始时间是否准确；有无多提或少提折旧；四是对已交付使用但未办理竣工决算的固定资产，是否已暂估入账并按规定计提折旧；正式竣工后，是否及时调整。五是是否按规定残值率提取残值；不留残值的固定资产其原因是否成立。六是固定资产的改良支出，是否一次性税前列支。
第二、无形资产摊销。一是无形资产原值计算是否准确；作为投资或购入的无形资产，其价值是否与合同、协议、验资报告及资产评估结果确认书等证明文件一致。二是摊销年限是否准确；改变摊销政策是否有依据或经税务机关批准。
第三、开办费摊销。一是是否有将不属于开办费的费用计入开办费。二是摊销期限是否低于5年；经营期不满5年按照实际经营期摊销开办费的，是否经主管税务机关批准。三是开办费的摊销是否从投产经营之日起计算。
第四、房屋装修费。一是有无将产权属于本企业的房屋投入使用前的装修费直接计入当期费用；二是核查装修费用的真实性；三是摊销期限的确定、摊销额的计算是否准确。
④税收优惠的检查。
第一、区域性税率优惠和定期减免税优惠的检查。一是企业是否属法定的生产性外商投资企业；二是企业是否位于法定优惠区域；三是享受再减半征收企业所得税待遇的产品出口企业和先进技术企业，是否取得有关部门颁发的证书；先进技术企业再减半征收企业所得税的，其按照税法第八条第一款规定的定期减免税期的最后一年及其次年是否均属于先进技术企业。
第二、生产性外商投资企业兼营非生产性业务的检查。若兼营性外商投资企业投产第一年的生产性业务收入占全部业务收入的比例未超过50％，是否已经享受区域性减低税率优惠；在定期减免税期限（包括先进技术企业和产品出口企业的再减半征收企业所得税期限）内，如果企业生产性业务收入占全部业务收入的比例低于50％，则该年度是否超政策享受减免税待遇。
第三、分别计算定期减免税期限和亏损弥补期限的检查。一是企业由于分期建设分期投产经营、合并、追加投资等原因，导致分别计算定期减免税期限和亏损弥补期限的，其各期的收入、成本费用等核算是否清楚、准确；二是企业分别适用的定期减免税期限是否准确；三是不同税收待遇亏损的弥补是否准确。
第四、特定项目和行业减低税率的检查。一是从事能源、交通、港口码头等特定项目和特定行业建设的企业，其所适用的减低税率优惠是否经过国家税务总局批准；二是从事特定项目和特定行业的企业，经批准适用减低税率的，如果同时兼营其它一般性项目，该一般性项目是否也适用经批准的减低税率优惠。
第五、有分支机构的企业适用所得税税率的检查。一是企业的分支机构适用所得税税率是否准确；二是总机构或者负责汇总纳税的机构本身不从事生产业务的，其所适用的企业所得税税率是否与其生产机构的适用税率一致；三是处在沿海经济开放区、经济技术开发区和高新技术开发区等特定区域内的企业，是否有“区内注册，区外经营”的问题。
第六、定期减免税期间转换的检查。重点检查由免税期进入减半期或由减半期进入全额征税期的企业，期间计算是否准确。
第七、其他税收优惠的检查。检查企业所享受的基础项目投资、特定项目投资、再投资退税、购买国产设备投资抵免企业所得税等税收优惠是否符合规定。
⑤其他事项。
第一、关联企业。检查关联企业之间的购销业务是否按独立企业之间的业务往来作价的。检查是否存在通过原材料高进和产品低出，向境外关联企业转移利润的情况。检查是否存在以管理费、特许权使用费、商标使用费等名目向境外控股公司支付巨额费用的情况。检查企业是否在所得税优惠期满后，与享受优惠的其他境内关联企业之间存在转移产品销售、劳务和费用等情况。
第二、亏损弥补。检查纳税人获利年度与亏损弥补是否合法，有无人为调节利润而在年度之间多转少转成本，特别对第一年获利年度情况进行审查，有无人为地推迟获利年度。一是弥补数额是否准确；二是弥补期限是否准确；三是有无经过税务审计、检查已经调整过的亏损额仍然按原先的亏损数额申报弥补。
第三、预提所得税。检查是否发生预提所得税的相关业务以及已申报的预提所得税是否符合规定。
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