《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发〔2003〕17号）规定：“增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额。增值税一般纳税人认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票，应在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额。”
　　针对这一规定，纳税人应当注意专用发票认证抵扣的时间限制，以避免造成不必要的损失。
　　购进工程物资处理例如：2006年1月，甲公司购进一批工程物资，取得防伪税控系统开具的增值税专用发票，发票注明价款为30万元，税额为5.1万元。因为购进的是工程物资，甲公司未到税务机关申请认证抵扣。2006年5月工程完工，甲公司将剩余的11.7万元(含税)工程物资按账面价值对外出售。甲公司账务处理如下：
　　1．购进工程物资时，借记工程物资35.1万元；贷记银行存款35.1万元。
　　2．工程领用时，借记在建工程23.4万元；贷记工程物资23.4万元。
　　3．出售工程物资时，借记银行存款11.7万元；贷记其他业务收入10万元、应交税金——应交增值税（销项税额）1.7万元。借记其他业务支出11.7万元；贷记工程物资11.7万元。
　　由于购进工程物资取得的专用发票已经超过认证抵扣期限，不得再申请抵扣进项税额。因此，甲公司出售工程物资应负担的增值税为1.7万元。
　　筹划方案：甲公司购进工程物资时，可先作为原材料入账，同时将取得的增值税专用发票送税务机关认证抵扣，工程领用时再作进项税额转出。甲公司可作如下账务处理：
　　1．购进工程物资时，借记原材料30万元、应交税金——应交增值税(进项税额)5.1万元；贷记银行存款35.1万元。
　　2．工程领用时，借记在建工程23.4万元；贷记原材料20万元、应交税金——应交增值税(进项税额转出)3.4万元。
　　3．出售工程物资时，借记银行存款11.7万元；贷记其他业务收入10万元、应交税金——应交增值税（销项税额）1.7万元。借记其他业务支出10万元；贷记原材料10万元。
　　筹划后，出售工程物资应负担的增值税为0(1.7+3.4－5.1)。此外，先认证抵扣再作进项税额转出，可能会推迟部分增值税纳税义务发生时间，获得资金的时间价值。超过认证抵扣期限的补救措施
　　如果由于某些原因，纳税人取得的增值税专用发票未在90天内申请认证抵扣，那么这部分进项税额就不能从销项税额中扣除，在增加增值税负担的同时加大了进货成本，降低了利润。笔者认为，对超过认证抵扣期限的增值税专用发票可采取以下补救措施。
　　超过90天未认证的专用发票，可将发票联和抵扣联一起退还开票企业，由开票企业先以退回的发票为依据开具一张红字发票，并将收到的原发票联和抵扣联粘贴在红字专用发票联后面，然后立即开具一张同样内容的正数发票。按上述方案不会增加开票方收入和销项税额，但是接受方收到新的专用发票又重新拥有了申请认证抵扣的权利。
　　需要注意的是，税法对货物销售退回增值税专用发票的处理有明确规定，而且有些地区对重新开票行为作了限制性规定，纳税人应当事先咨询当地主管税务机关，在得到认可后才可按上述方法处理。